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증권예탁원에 예탁된 주식의 실질주주에 관해 그 성명·주소·그가 가진 주식의 종류·수 등을 기재하여 작성한 장부를 실질주주명부라 합니다. 이러한 실질주주명부에 실질주주의 내용이 기재하면 주주명부에 기재한 것과 동일한 효력이 있습니다.
이와 같이 실질주주명부를 인정하게 된 이유는, 상장회사의 경우그 주식거래가 빈번하여 주식거래사실을 일일이 회사가 주주명부에 기재할 수 없기 때문입니다. 증권회사를 통해서 상장주식을 구입하게 되는 경우, 고객의 상장주권은 보통 증권회사를 통해 증권예탁원에 예탁되고, 그 주권은 증권예탁원의 이름으로 명의개서를 합니다.이러한 과정은 증권회사들이 증권예탁원에 주권을 예탁해놓고 서로의 계좌간에 장부거래로서 거래하는 대체결제제도를 이요하여 진행됩니다. 이 경우 증권예탁원을 명의주주라 하고, 고객 또는 예탁자인 증권회사를 실질주주라 합니다. 그리고 이런 실질주주의 성명·주소·주식의 종류 및 수를 기재한 장부를 실질주주명부라 합니다.
실질주주명부는 증권예탁원이 예탁주권의 발행회사가 주주명부의 폐쇄기간이나 기준일을 정하면 그 기간의 초일 또는 기준일의 실질주주에 관해 주권의 발행회사나 명의개서대리인에게 통지하고, 통지를 받은 발행회사와 명의개서대리인이 실질주주명부를 작성·비치하게 됩니다(증권거래법 174조의8).
실질주주명부에 주주로서 기재된 경우엔 주주명부에 기재된 것과 동일한 효력이 있습니다. 따라서 실질주주는 원칙적으로 모든 주주권을 스스로 행사할 수도 있고(174조의7), 증권예탁원에 신청하여 증권예탁원으로 하여금 행사하게 할 수도 있습니다(174조의6). 그러나 주권불소지신고, 주주명부의 기재, 주권에 관한 사항(주권의 분할·병합·교환청구·공시최고) 등은 실질주주가 행사할 수 없고 증권예탁원에 전속하게 됩니다. 또한 실질주주가 주주총회 회일의 5일 전까지 증권예탁원에 의결권의 직접행사·대리행사 또는 불행사의 뜻을 표시하지 않은 경우엔 증권예탁원이 의결권을 행사할 수 있습니다(174조의6). 다만 영업양도, 합병, 해산 등 회사의 조직변경과 관련된 주주총회 특별결의사항에 대해선 실질주주가 의결권행사의 의사표시를 하지 않았다고 하여 증권예탁원이 의결권을 행사할 수는 없습니다.
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